“司马”本是古代官名，是掌管天下军事、调遣武装部队的武官。商朝、周朝都设有司马这一武官，后代也有沿用。然而“司马氏”则指的是担任过司马一职的人的后代。但后来的一些司马还可以是文官。
根据史籍《通志·氏族略》的记载，追源溯流，司马氏的得姓始祖是周宣王执政时期官拜司马(管辖军政和征战的官职)的程伯休父，因为他屡立战功，官至司马，周宣王允许他以官职为姓，所以他的后世子孙就“以官为氏”而姓了司马。程伯休父本是殷、周朝时期的一个诸侯，是上古颛顼帝之后祝融氏重黎的子孙，租他体分的子孙后来分为两支，一部分“以官为氏”而姓司马，一部分依照惯例“以国为氏”而姓程。因此司马氏乃是出自程氏，和程氏一族是一家人。关于司马氏的得姓，大约是在两千七百余年前，司马氏后人还奉程伯休父为司马氏的得姓始祖。
后来的司马氏建立了历史上的西晋、东晋政权，共十五帝，进一步扩大了司马姓的影响。后来，东晋灭亡以后，司马姓开始步入平稳发展时期，但由于历史上曾出现的复姓改单姓，司马姓后来又有许多改为司姓或马姓。
另外，还有一些人是改姓为司马氏的，如许、郝二姓均有一部分是改姓司马的。两汉时期，司马姓主要分布在今河南、陕西、四川等地，其中河内郡(今河南武陟)一直是司马姓的重要聚集地。至曹魏时期，河内温地(今河南温县)则出了一位赫赫有名的政治家司马懿，后来，他的孙子司马炎废魏，建立西晋，定都于洛阳。从此，河内郡便成了司马姓最为著名的郡。
现代社会，司马姓仍为复姓中的大姓，分布非常广泛。但尽管司马姓氏是上古至中古时期的大姓，但现在司马姓的人口数已大不如前了。